Đại hội đại biểu Đoàn Văn phòng Trung ương lần thứ hai, nhiệm kỳ 2012 - 2017 đã bầu Ban Chấp hành Đoàn gồm 17 đồng chí có phẩm chất chính trị vững vàng; có năng lực lãnh đạo công tác đoàn thể; nhiệt tình, tâm huyết và có trách nhiệm với công tác Đoàn, được đoàn viên thanh niên tín nhiệm; đại diện cho các cơ sở đoàn trực thuộc.

Ngày 06-7-2009, Ban Chấp hành Đoàn Văn phòng Trung ương đã ban hành Thông báo số 07 TB/ĐTN vê kiện toàn nhân sự và phân công nhiệm vụ đối với thành viên các ban chuyên môn của Đoàn Văn phòng Trung ương nhiệm kỳ 2007 - 2012 (thay thế Thông báo số 01 TB/ĐTN, ngày 01-12-2007). Do có sự biến động về mặt nhân sự, nhằm đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và phù hợp với thực tế tình hình của Đoàn Văn phòng Trung ương, Ban Chấp hành Đoàn đã thường xuyên kiện toàn nhân sự các ban chuyên môn. Hiện nay, bộ máy giúp việc Đoàn Văn phòng Trung ương gồm: (1) Ban Tổ chức. (2) Uỷ ban Kiểm tra. (3) Ban Tuyên giáo. (4) Ban Phong trào. (5) Văn phòng Đoàn.

Đại hội đại biểu Đoàn thanh niên Văn phòng Trung ương Đảng lần thứ nhất, nhiệm kỳ 2007 - 2012 đã bầu Ban Chấp hành Đoàn gồm 17 đồng chí đại diện cho các cơ sở đoàn trực thuộc. Hội nghị lần thứ nhất Ban Chấp hành Đoàn Văn phòng Trung ương đã bầu 05 đồng chí Uỷ viên Ban Thường vụ. Trong 5 năm vừa qua, Ban Chấp hành, Ban Thường vụ Đoàn thường xuyên được kiện toàn và không ngừng được nâng cao năng lực (đã bầu bổ sung 06 đồng chí Uỷ viên Ban Chấp hành, 04 đồng chí Uỷ viên Ban Thường vụ và 01 Phó Bí thư Đoàn). Đến nay, Đoàn Văn phòng Trung ương có 17 Uỷ viên Ban Chấp hành, trong đó có 05 Uỷ viên Ban Thường vụ (Bí thư, 03 Phó Bí thư, 01 Uỷ viên).